Organizacją Katolickiej Szkoły Podstawowej i Katolickiego Gimnazjum oraz ich późniejszym prowadzeniem zajęło się Stowarzyszenie Przyjaciół Szkół Katolickich z Częstochowy. Decyzją Zarządu Stowarzyszenia na dyrektora szkoły powołany został Marek Woźniak, dotychczas wicedyrektor Zespołu Szkół Muzycznych im Stanisława Moniuszki w Łodzi i członek Stowarzyszenia Rodzin Katolickich Archidiecezji Łódzkiej. Do władz oświatowych i miejskich złożono wymagane dokumenty. Po uzyskaniu pozytywnej opinii Łódzkiego Kuratora Oświaty oraz zezwolenia Prezydenta Miasta Łodzi rozpoczęliśmy przygotowania do rozpoczęcia pierwszego, historycznego roku szkolnego 2003/2004.Z inicjatywy księdza arcybiskupa Władysława Ziółka, powstał w grudniu 2002 roku komitet do spraw powołania katolickiej szkoły podstawowej w Łodzi.

W sierpniu wykonaliśmy własnymi siłami (z pomocą wielu ludzi dobrej woli) niezbędne prace potrzebne do uruchomienia szkoły: odmalowaliśmy 4 sale lekcyjne, fragment korytarza szkolnego, sekretariat. Zakupiliśmy pierwsze, używane krzesła, stoliki, biurka, tablice i inne podstawowe rzeczy. Było to zadanie podjęte i wykonane całkowicie od podstaw.

Szkoły znalazły swoją siedzibę w budynku po istniejącej tu wcześniej szkole zawodowej, udostępnionym przez władze naszego miasta. Otrzymały status szkół publicznych, dekretem Arcybiskupa metropolity łódzkiego, prawo używania w nazwie określenia „katolickie”.

Na podstawie uchwały Zarządu Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich podjętej w czerwcu 2003 r. Katolicka Szkoła Podstawowa i Katolickie Gimnazjum rozpoczęły działalność 1 września 2003 roku. Do klasy pierwszej i czwartej szkoły podstawowej zostało przyjętych 28 uczniów, a do dwóch klas pierwszych gimnazjum 43 uczniów.

W uroczystości inaugurującej działalność szkół uczestniczyli: ksiądz arcybiskup Władysław Ziółek metropolita łódzki, wiceprezydent Łodzi Włodzimierz Tomaszewski, ksiądz Stanisław Gancarek – prezes i założyciel Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich oraz wielu zaproszonych gości.

W drugim roku istnienia szkół było już prawie dwustu uczniów w obu szkołach. W trzecim roku szkolnym – 350 uczniów. Po trzech latach, 1 września – 440. Po założeniu liceum osiągnęliśmy stan prawie 500 uczniów. W roku jubileuszowym – 2013 z radością powitaliśmy dwie klasy pierwsze szkoły podstawowej i właśnie od roku szkolnego 2013/2014 systematycznie zwiększała się liczba oddziałów w szkole podstawowej.

Na wniosek Rady Rodziców w szkołach zostały wprowadzone jednolite stroje szkolne dla uczniów.

W 2007 roku Katolicka Szkoła Podstawowa otrzymała imię Błogosławionych Dzieci z Fatimy, a Katolickie Gimnazjum Świętej Faustyny Kowalskiej. Uroczystej mszy św. przewodniczył ksiądz arcybiskup Władysław Ziółek metropolita łódzki, który poświęcił także sztandary szkół i  kaplicę szkolną pod wezwaniem Bożego Miłosierdzia. Szkoły zawierzono opiece Matki Bożej i Bożemu Miłosierdziu. Od tej chwili we wspólnocie szkolnej obecny jest stale Jezus Chrystus ukryty w Najświętszym Sakramencie. Kaplica jest sercem szkoły, miejscem budowania formacji duchowej uczniów i nauczycieli, sprawowania Eucharystii, adoracji, indywidualnej i wspólnotowej modlitwy. Uroczystość i liturgia w pełni przygotowana została przez społeczność nauczycielską i uczniowską, miała szczególny charakter, a uczestnictwo w niej było ogromnym przeżyciem.

W 2011 roku funkcję dyrektora Katolickiej Szkoły Podstawowej im. Błogosławionych Dzieci z Fatimy objęła Ewa Woźniak –  nauczyciel edukacji wczesnoszkolnej od początku zaangażowana w dzieło tworzenia naszych szkół.

Rok 2012 to czas kolejnych zmian. W duchu misji szkoły, którą jak wiemy jest integralny rozwój osoby ludzkiej, rozpoczęła swoją działalność następna  nasza szkoła: Niepubliczna Szkoła Muzyczna I stopnia. Uczniowie kształcą się w dziale dziecięcym (6-letnim) i młodzieżowym (4-letnim). Mogą oni pobierać lekcje gry na następujących instrumentach: fortepian, gitara, wiolonczela, skrzypce, flet poprzeczny, klarnet, saksofon.

W związku z rozpoczęciem działalności przez szkołę muzyczną przebudowano małą salę gimnastyczną tak, aby mogła służyć za salę koncertową z zasuwaną kurtyną. Po pierwszym roku działalności 5 sierpnia 2013 r. decyzją Ministra Kultury Niepubliczna Szkoła Muzyczna I stopnia SPSK otrzymała uprawnienia szkoły publicznej. Uzyskanie tego statusu w tak krótkim czasie było ogromnym sukcesem.

W roku 2013 szkoły obchodziły jubileusz 10 – lecia istnienia i uroczystość nadania imienia Błogosławionej Matki Teresy z Kalkuty Katolickiemu Liceum Ogólnokształcącemu SPSK.  Mszę św. w intencji wspólnot szkolnych celebrował ksiądz arcybiskup Marek Jędraszewski metropolita łódzki. Przygotowano okolicznościowe medale, które otrzymali zaproszeni goście, nauczyciele i pracownicy, którzy współtworzą wspólnoty szkolne  od pierwszego dnia ich istnienia.

W 2014 roku dyrektorzy szkół: Ewa Woźniak i Marek Woźniak  otrzymali z rąk księdza arcybiskupa Marka Jędraszewskiego metropolity łódzkiego Złoty Krzyż Zasługi Archidiecezji Łódzkiej za zasługi dla Kościoła Łódzkiego.

W 2017 roku w związku z reformą oświaty do klas pierwszych gimnazjum nie przyjęto już uczniów, ale w ramach tworzonej ośmioletniej Katolickiej Szkoły Podstawowej SPSK, powstały dwie klasy siódme.

Również w 2017 roku nastąpiło miłe, o symbolicznej  wręcz wymowie wydarzenie. Pracę w szkole podstawowej i gimnazjum, jako nauczyciel wychowania fizycznego,  podjął p. Karol Chmielewski – absolwent naszego gimnazjum z roku 2012. Historia szkoły zatoczyła koło.

W 2018 r. rozpoczęliśmy przygotowania do przekształcenia wygasającego Katolickiego Gimnazjum SPSK w Technikum SPSK. Od 1 września 2019 roku rozpoczęło swoją działalność Technikum SPSK im. Świętej Faustyny Kowalskiej w Łodzi. Naukę w nim podjęli uczniowie, którzy chcieli kształcić się w dwóch specjalizacjach: Technik logistyk, technik informatyk.

W 2020 roku funkcję dyrektora Niepublicznej Szkoły Muzycznej I stopnia Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich w Łodzi powierzono dotychczasowemu wicedyrektorowi p. Izabeli Wiechno.
W sierpniu 2021 r wieloletni dyrektor szkoły p. Marek Woźniak i dawny dyrektor szkoły podstawowej (później wicedyrektor) przeszli na zasłużoną emeryturę. Dyrektorem szkół ogólnokształcących została p. Agnieszka Chyrzyńska.